Prebiyotiklerle ilgili çalışmalar en çok fruktooligosakkarit, galakto-oligosakkarit ve inulin üzerine yoğunlaşmıştır. Frukto-oligosakkaritler (FOS), fruktozil birimlerinin 2→1 bağıyla bağlandığı kısa ve orta zincirli β-D-fruktanlardır. Polimerizasyon dereceleri inülin için 2-60, oligofruktoz için 2-20 arasındadır.
 
FOS, α-amilaz, sakkaraz veya maltaz gibi enzimlerle sindirilememektedir. FOS bakterilerin sahip olduğu β-fruktofuranosidaz enzimi ile fruktoz molekülüne hidrolize olarak bakteri hücresi içersine transfer edilmektedir. Yerelması, muz, bal, domates ve buğday gibi ürünlerde bulunmaktadırlar [15]. Arpa ve çavdar gibi tahıllar da FOS içermektedir. Fermente olduklarında kalsiyum ve magnezyum gibi minerallerin emilimini arttırmakta, serum kolesterol ve şeker glikoz seviyelerini düşürmektedir. Fermentasyonları sonucunda meydana gelen propiyonat, asetat, bütirat gibi kısa zincirli yağ asitleri sodyum emiliminin artmasına yardım etmektedir. Tablo 4’te Avrupa marketlerinde satışa sunulan, FOS içeren gıda maddeleri görülmektedir.
İnülin, doğada yaygın olarak bitkilerin depo karbonhidratı halinde bulunan ve fruktoz polimerlerinin heterojen karışımına verilen isimdir. Polimerizasyon derecesi  2-60 veya daha fazla olan bir fruktan olan inulinin daha düşük (2 – 20) birimlerine fruktooligosakkarit ya da oligofruktoz adı verilmektedir. İnulin ve oligofruktoz etkili bir prebiyotik olarak bilinmektedir. Farklı laboratuarlarda yapılan in vitro ve in vivo çalışmalar ile de bu özellikleri ispatlanmıştır.  Muz,  buğday, soğan ve sarımsak fruktooligosakkarit açısından diyet kaynaklarıdır.
Fruktan olmayan prebiyotikler de prebiyotik etki gösterip, sağlığa yararlı etkiler gösterebilmektedir. Bunlardan dirençli nişastanın yalnız veya fruktooligosakkaritler ile kombine olarak kullanımının prebiyotik etki gösterdiği çeşitli çalışmalarla ortaya konmuştur.